论文ID
1
名称
Characterizinghumanlungtissuemicrobiotaanditsrelationshiptoepidemiologicalandclinicalfeatures
2
译名
肺部微生物表征及其与流行病、临床特征的关系
3
发表期刊
GenomeBiology
IF：13.
发表时间：年
作者：YuG,GailMH,etal.
实验设计
取样位置
意大利伦巴第及下游地区的五个城市（米兰、蒙扎、布雷西亚、帕维亚、瓦雷泽等）以及它们周围的自治市。
样本选取
肺癌样本从13个医院收集而来，包含了下游地区约80%的病例。流行病学上的数据通过个人采访及调查问卷的方式完成，临床数据从诊所的医师和出院记录收集而来。
样本收集
肺部组织样本在外科手术切除20min内用液氮速冻。样本分类为癌组织、癌旁组织、距离癌组织较远的区域。本研究中选取了距离癌组织较远的区域来减少癌症区域的潜在影响，称为良性肺部组织（non-malignantlungtissue）。每个个体至少收集一个良性肺部组织，至少有一个样本被病理学家确认无癌症核心。所有与癌组织接触的工具和材料都提前灭菌。最终选取了个良性肺部组织和56个癌症组织。质检排除部分样本后，剩余个良性肺部组织和31个癌症组织。
测序策略
扩增16S的V3+V4区，IlluminaMiSeqPE测序。测序还包括2个样本（粪便和生殖道）作为阳性对照来测试测序run的performance，20个阴性样本来检测可能由于DNA提取、PCR试剂带来的污染，4个阴性对照来排除PCR扩增过程中的污染。
图1技术路线
65个良性肺部组织样本至少产出了个reads/sample用于后续的分析。
实验对象大部分是男性（83%），平均年龄66.6岁；53%居住在米兰的城区；大部分是烟民（50%现在还抽、43%已戒烟），平均有43.5的烟龄；10-25%的人有支气管炎、肺气肿、肺炎；的研究对象有慢性阻塞性肺疾病（ChronicobstructivepulmonarydiseaseCOPD）。
大部分人都在肺叶的上部、下部有肺癌，3%的人肿瘤在主支气管上，92%的人经诊断在IA,IB,IIA,IIB,和IIIA期，8%的人处于肺癌晚期(IIIB,IV)。没有一例病人在手术之前接收放疗、化疗和其它治疗方法。病人在诊断为肺癌后，平均在.9周后去世。
排除可能干扰的措施：测序还包括2个样本（粪便和生殖道）作为阳性对照来测试测序run的performance，20个阴性样本来检测可能由于DNA提取、PCR试剂带来的污染，4个阴性对照来排除PCR扩增过程中的污染。
HMP数据：研究者下载了HumanMicrobiomeProject(HMP,phase1;
